大騒動になったのは忠恒の軽率な行動に原因があるのですが、伊集院一族を逆恨みし、執拗なまでの粛清を図ります。1602年、忠真は誤射（大嘘）によって暗殺され死亡。その日のうちに忠真の弟3人と母が全員殺され、伊集院一族は族滅させられたのでした。実行犯は対外的には切腹を言い渡されたものの、忠恒は秘密裏に遺族を支援し、数年後には上級武士に取り立てる高配偶をしており、忠恒が計画した暗殺なのは明白でした。
坊主憎けりゃ袈裟までに憎しなのか、忠恒は忠棟の信仰していた一向宗まで弾圧対象とし、全土に渡って強烈な一向宗の禁教令を敷きます。戦国期から、九州においても一向宗を問題視する戦国大名は多く存在し、隣国の相良氏も分国法に記述するなど事例はあるのですが、「一向一揆が怖いから一向宗禁止ね」というそれまでのゆるーい弾圧から、幕府のキリシタン取り締まりが子供の遊びに見えるレベルの厳格なものへと変貌したのです。
具体的には、普通数年に1回ぐらいしか行わない、石抱きの拷問（普通は主人殺しレベルにしか適用しない）や中世の魔女狩りで行っていた椅子にしばりつけて溺死させるあれ、さらには宗門改めが1年に２回、発覚した場合は五人組の連帯責任と・・・。
一方で、本願寺側もこの弾圧には相当頭に来ていたようで、信長が対峙した一向一揆レベルの対抗処置を掲げます。「講」と呼ばれる組織化されたネットワークを駆使し、事前に宗門改めの情報を信徒に送っており、弾圧を始めてから200年たっても未だ信徒の数は10万人以上というのですから恐ろしいものです。
が、この本願寺が組織した「講」が島津の領民にとって大きな負担となりました。ただでさえ八公二民と揶揄されるほどの重税で有名な島津家に加えて本願寺から「講」を維持費を支払えとお布施を要求されるのですから、島津の信徒はたまったものではありません。こうして島津の弾圧からも本願寺からも離れては独自の信仰を深めていった結果、カヤカベ教なるなんだかよく分からない宗教が誕生してしまいました。
このカヤカベ教、信者は表向きは霧島信仰を自称し、自ら神職を務める者もいたりと偽装工作が徹底されており、昭和期になっても信者は龍谷大学の調査チームを弾圧者として敵対しているなど、相当なカルト化していたようです。信仰内容自体はそこまで異常性はない（鶏肉・牛肉を食べない、牛乳も飲まない、文書化された経文が存在しない）のですが、熊本南部からは鹿児島にかけては古くから匿名掲示板でも知る人ぞ知るクロ衆やら都市伝説が伝わっており、どこか知的好奇心を擽られる存在として今に伝えています。
